Монастырь «не имеет клочка писанной истории вплоть до XVI века, и списки настоятелей открываются ставленниками Грозного». Из житийной литературы XVII века следует, что монастырь основал в 1038 году боярин Ефрем, бывший конюшим киевского князя Владимира I Святославича. Причиной, подвигшей боярина к основанию монастыря, было убийство Святополком Бориса и Глеба, после которого он решил удалиться от светской жизни и заложить монастырь на берегу реки Тверцы.

Изначально боярин Ефрем якобы основал обитель на возвышенности у реки, а в 1038 году был построен храм, получивший название Борисоглебского в честь Бориса и Глеба и давший название всему монастырю. В исторических источниках первые сведения о Торжке появляются в середине XII века.